Markus Wener studierte in Heidelberg und Tours Jüdische Studien, Kunstgeschichte und Ur- und Frühgeschichte. Von 2002 bis 2007 arbeitete er als wissenschaftlicher Mitarbeiter und Kurator am Historischen Museum der Pfalz Speyer und am Jüdischen Museum Franken in Fürth. 2007 übernahm er die Stabsstelle „Sponsoring/Fundraising“ am Landesmuseum Württemberg in Stuttgart. Seit 2011 leitet er dort die Abteilung „Drittmittel, Gremien und Veranstaltungen“ und übernahm 2012 die Geschäftsführung der Gesellschaft zur Förderung des Landesmuseums Württemberg e. V.